Relata la historia de Seiya después de la batalla contra Hades donde quedó en coma por la herida que le provocó el dios de los muertos. Seiya es blanco de tres ángeles enviados para ejecutarlo pero es protegido por Athena. Después del ataque de los ángeles, aparece su hermana Artemisa (Artemis en el doblaje de España), diosa de la caza y la luna, recriminándole a Athena la protección que le brindaba a Seiya. Athena decide transferirle el mando de la tierra a Artemisa a cambio del perdón de sus santos, cosa que Artemisa acepta, no sin antes advertirle que si los Santos de bronce vuelven a pelear, no serán perdonados de nuevo. Las diosas parten al Santuario. Más tarde, Seiya despierta y es encontrado por Marín, quien le explica la situación y le comenta que nuevamente los dioses se disponen a castigar a la humanidad, esta vez inquietos por el poder alcanzado por los Santos que fueron capaces de derrotar a Hades; Seiya comprende que aunque ha despertado, no puede encender su cosmos; aun así, su preocupación por Saori lo lleva a viajar al Santuario.
Los Santos de oro que se sacrificaron en el muro de los lamentos son castigados, incluidos Shion y Dohko quienes defienden sus actos ante los dioses, siendo sus almas selladas en una estatua en el Santuario y condenados al sufrimiento eterno por desafiar a los dioses. Cuando Seiya llega al Santuario, encuentra que este ha cambiado totalmente: incluso las dimensiones se han distorsionado en las antiguas ruinas griegas. En ese momento lo interceptan Jabu, Ichi y Shaina; Shaina le informa que el Santuario ha pasado a manos de Artemisa, por lo que desde ese momento son enemigos (los santos normalmente juran lealtad al santuario al ser armados, pero Seiya y sus compañeros juraron lealtad exclusiva a Athena al aceptar protegerla).
Seiya hace caso omiso, por lo que Shaina lo ataca, demostrando que este ya no posee el poder de enfrentar ni siquiera a un Santo de bronce. Aun así, Seiya y sus compañeros inician una feroz carrera para salvar la vida de Athena, quien mientras tanto ofrece su sangre para prolongar la existencia de la humanidad. Los guerreros que están al mando y protegen a la diosa Artemisa son los denominados Ángeles Celestiales —Teseo, Odiseo (Ulises en el doblaje de España) e Ícaro— quienes al saber de la llegada de los Santos salen a su encuentro para asesinarlos.
El ángel Teseo se enfrenta a Shun e Ikki, pero los hermanos lo derrotan en un ataque conjunto, después de una larga y ardua batalla. Hyoga y Shiryu son los rivales del ángel Odiseo, que logran derrotar con el Dragón ascendente y el polvo de diamantes combinados, provocando la destrucción completa de Odiseo, para abrir el camino a Seiya hacia Athena. Quinta película basada en el manga/anime Los Caballeros del Zodiaco, también conocido como Saint Seiya
