La serie nos sumerge en un Japón feudal, 14 años después de la derrota de Himuro Genma el guerrero inmortal, mostrando el mundo oculto y místico de los ninjas (también conocidos como shinobis), el mundo honorable y valiente de los samuráis y rōnins, en el que destacan los duelos a muerte y el compañerismo entre rivales con un fin común.
En la historia hay dos clanes, el Hiruko y el Kimon que se enfrentan. Uno de los miembros del Hiruko (Roga) roba del clan la piedra sagrada del dragón e intenta buscar a la princesa de la luz, Shigure, para dársela. Sin embargo, durante la huida es perseguido por los dos clanes que quieren hacerse con la piedra y destruir la aldea de la princesa. Cuando el clan Kimon la destruye, Jubei, el protagonista, les derrota mientras la princesa escapa.
El ladrón de la piedra, Roga, se la confía a Jubei antes de morir, para que este se la de a Shigure y la proteja. Durante su viaje debe enfrentarse a multitud de enemigos de los dos clanes, hasta que descubren que el Hiruko realmente solo quiere defenderla a ella y a la piedra y que les guíe en una nueva era. Sin embargo, la ambición del clan Kimon hace destruir al clan Hijoko y a todo el que se cruce en su camino.
