La historia gira alrededor de Kazuto Kirigaya, uno de los 1,000 beta testers que probó la beta del juego antes de su salida oficial en el mercado, utilizando el seudónimo de Kirito como nombre de usuario. Debido a que pasó más pisos que el resto de los beta testers, Kirito decide cargar solo con el peso del odio recibido por parte de los jugadores normales hacia los beta tester por no compartir información y usarla a su favor, esto llevó a Kirito a auto proclamar su propia clase: beater (Combinación de Beta Cheater) y superar las fases en solitario la mayor parte del tiempo, y para colmo, el primer grupo que se unió se desintegró debido a una emboscada por parte de monstruos, matando a todos los integrantes en el proceso, siendo Kirito el único sobreviviente de esa emboscada.

Con el tiempo, Kazuto conocerá el valor de las alianzas, la familia y el amor, sentimientos que lo llevaran a crear lazos con Asuna Yuuki, cuyo nombre de usuario resulta ser su nombre real, quien es la subcomandante del gremio «Los Caballeros de la Hermandad de Sangre» y conocida por todos como el destello veloz por su estilo de lucha con la espada, la cual posteriormente se convierte en su esposa en el juego y adoptan a la inteligencia artificial llamada Yui como su hija.

El arco también aborda enfrentamientos con el gremio «Ataúd Risueño» que se compone de jugadores vándalos que matan a los demás jugadores sin piedad y sin misericordia. Además, Kazuto y Asuna descubrieron la identidad de Kayaba a mitad de partida, iniciando la confrontación y terminando el juego.

De 10,000 jugadores que entraron al juego, solo 6,000 sobrevivieron tras la finalización de los 100 pisos y la eliminación del enemigo final definitivo, todos los sobrevivientes logran desconectarse, perdiendo más de 2,000 jugadores solo en el primer mes y sin lograr superar el primer piso, esto se debe a que muchos en el mundo exterior ignoraron las advertencias de Kayaba y trataron de desconectar por la fuerza a los jugadores atrapados adentro lo cual resulto en la muerte de ellos o simplemente murieron en batalla por derrotar a los jefes de cada piso o en el peor de los casos se suicidaron durante el transcurso del incidente. En el capitulo final del arco, Kayaba se reúne por última vez con Kazuto y Asuna mientras el mundo de Aincrad se destruye y les menciona que un total de 4,000 jugadores murieron durante los 3 años que estuvieron atrapados y le da las felicitaciones a Kazuto y Asuna por terminar el juego y se despide de ambos con la esperanza de volver a verse en el futuro